花子の部屋に咲き乱れる花。 その花とは、遥か彼方南の国から飛んできた妖花。 この種本体がある限り咲き続けるという不思議な花。 なぜ妖花は遥か遠くの日本まで飛んできたのか？ 鬼太郎たちはその妖花の謎を探るため、遥か彼方にある南の国にへと向かった。 しかし、やっと辿り着いた南の国の島には、見るも無残な戦いの跡が残っていた。 この戦いの跡は一体何なのか？鬼太郎たちは妖花の謎を解くべく、島を調査し始めるのだったが･･･。